女性は、月経（生理）に合わせてホルモンバランスが日々変化します。 一生のあいだにたったスプーン１杯分しか分泌されない女性ホルモンですが、そのバランスが崩れると生理痛、生理不順、PMS（月経前症候群）など不調の原因になります。腸内細菌はホルモンバランスを整える一方、その変化に合わせて防御物質を出して痛みを引き起こす働きもあります。
加齢もホルモンバランスが変化する要因です。本来はその変化に伴って臓器の働きも変化しなければいけないはずが、その変化が追いつかずにアンバランスな状態になることが更年期障害の原因です。腸内細菌が出す物質が血中を通り、その変化の信号の役目を果たしてくれます。
女性側に原因のある不妊症でも、ホルモンバランスの乱れや免疫系の異常が原因である場合もあると言われています。
これら女性特有の不調も、腸内環境・腸内細菌のバランスを整えることで改善することが期待されています。