生活習慣などが原因で発症する糖尿病（Ⅱ型）は、様々な合併症を引き起こすリスクもはらむ危険な病気です。上がった血糖値を下げてくれる働きのあるインスリンの分泌機能がうまく働かなくなり、血糖値が異常に高い状態が続きます。
腸内細菌の出す物質には、すい臓がインスリンを出すように脳が信号を送る働きを促す作用もあります。また食事の際に、魚などの海洋性のタンパク質を最初にひと口食べることで、消化のスイッチがオンになり、インスリンの適切な分泌を引き出すことが期待できます。
腸内フローラ移植による改善を目指す場合、脂質や糖質の代謝を正常化するフローラバランスを目指します。また移植回数を重ねることで、腸と各臓器の相互通信機能を利用し、間接的に腎機能の回復を目指すこともできます。インスリン注射など投薬治療の期間が長いほど、元の状態へ戻すのが大変になってしまいます。
将来的には、自己免疫疾患とも言われる糖尿病（Ⅰ型）への応用も期待されています。

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