ストレスの多い現代社会で、うつ病などの精神疾患にかかる患者数はますます増えています。心の病とも呼ばれる精神疾患ですが、実は脳の病気であるばかりか、腸にも関連があることがわかってきました。脳と腸が一億本の神経で双方向につながる腸管神経系が、精神的な症状のあらわれ方に大きく関わっているとして、研究が進んでいます。（脳腸相関）
例えば、神経伝達物質の一つであるセロトニンは、不足すると精神面に大きな影響を及ぼし、うつ病などを引き起こすこともあります。実はセロトニンは90%が腸管内にあり、脳には2%しか存在しません。腸のセロトニンと脳のセロトニンは役割が異なり、相互に直接利用することはできません。しかし、腸内環境を適切に整えることで、脳内で不足しているセロトニンの生成量を調節するのではないかと推測されてます。その際に、腸から脳へ信号を送る重要な働きをしてくれているのが、腸内細菌たちなのです。
腸内フローラ移植による改善を目指す場合、うつ病の方によく見られる、免疫力や神経伝達系を司る腸内細菌たちの比率のアンバランスを改善することを目指します。