アトピー、アレルギーは自分を守ってくれるはずの免疫が過剰に反応して起こる、免疫力のアンバランスさが原因の疾患です。体の免疫システムができあがる17歳頃になると自然と治まることも多いのですが、食生活の変化や化学物質の多用、ストレスなどが原因で大人になっても治らない場合もあります。
腸内細菌には、過剰に反応する免疫細胞をなだめる役目を持つ細胞（Tレグ）を作る、または活性化する働きがあることがわかっています。
腸内フローラ移植による改善を目指す場合、自分の免疫が過剰反応しないように気をつけながら、Tレグを増やすことのできる腸内フローラバランスへなだらかに変えていくことを目指します。免疫システムの未熟な6歳くらいまで、また体の免疫力が落ちはじめる40代以降は、腸内フローラバランスが書き換わりやすい年齢でもあります。
アトピー性皮膚炎に対する腸内フローラ移植のドナー選定は、年齢よりも、免疫力の寛容性や体内に侵入する抗原をおおらかに受け入れて学習できる腸内細菌をどれだけ保有しているかを重視します。